Fakulta aplikované informatiky má definovány tři klíčové oblasti vědy a výzkumu, na které se intenzivně zaměřuje. Jde o následující oblasti:
- informační technologie,
- bezpečnostní technologie,
- automatické řízení.
Stěžejní cíle výzkumných aktivit, kromě obecně deklarovaného rozvoje výzkumu a vývoje, je možno spatřovat zejména v:
- zajištění kvalitního přístrojového a laboratorního vybavení,
- rozvoji spolupráce s regionálními firmami – spolupráce je zaměřena na nárůst smluvního výzkumu a na řešení společných projektů vycházejících z potřeb firem,
- nárůstu nově vytvořených pracovních příležitostí pro absolventy VŠ, zejména úspěšné absolventy doktorských studijních programů, tedy představitelů nově nastupující „vědecko-výzkumné“ generace,
- propojení výzkumných aktivit se vzdělávacím procesem v rámci magisterských technických oborů, realizovaných na FAI, a tím ve zkvalitnění výuky založeném na využití moderního přístrojového a laboratorního vybavení,
- přímé účasti studentů doktorských studijních programů a oborů ve výzkumných aktivitách.