Fakulta aplikované informatiky vznikla 1. 1. 2006. Z hlediska odborného, personálního i potřebné infrastruktury nebyl vznik fakulty problémem, poněvadž pracoviště, tehdejší Institut řízení procesů a aplikované informatiky, které bylo zárodkem nové fakulty, bylo k tomuto cíli již směřováno od vzniku samostatné Univerzity Tomáše Bati ve Zlíně v roce 2001.