Fakulta aplikované informatiky je oprávněna konat habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem v oborech „Aplikovaná informatika“ a „Řízení strojů a procesů“. Habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem se na FAI uskutečňují v souladu se zákonem o vysokých školách a s vnitřními předpisy UTB.